Hệ thống nhân vật trong Mahō Sensei Negima! cực kì đồ sộ, bao gồm cả 31 học sinh trong lớp 2/3-A của Negi. Giống như các lớp học khác, lớp của Negi không những đồ sộ về số lượng học sinh mà còn đa dạng về tính cách, đặc điểm: lớp của cậu bao gồm cả những học sinh thông minh học giỏi, nhưng vận động viên siêu phàm, những kiện tướng trong các đội cổ vũ. Ngoài ra trong lớp còn có vài "cao thủ võ lâm", một ninja, một vampire, một người máy, một con ma, một ngôi sao ca nhạc, ít nhất một bán yêu và thậm chí nhân vật Siêu Linh Âm là hậu duệ của Negi, một pháp sư có khả năng đi xuyên thời gian. Gần như tất cả các học sinh trong trường đều tham gia những câu lạc bộ khác nhau của trường. Và, rất nhiều học trò của Negi về sau đã cùng cậu tham gia cuộc phiêu lưu ở thế giới phép thuật. Nhiều nữ sinh cũng trở thành "bạn đồng hành" với pháp sư Negi, cụ thể là họ có được tấm thẻ bài Pactio thể hiện sự liên kết về phép thuật với Negi. Đồng thời thông qua quá trình giảng dạy và tiếp xúc, Negi Sprinfield dần dần đã hiểu rõ những tâm tư, tình cảm của mỗi học sinh trong lớp của mình.

Ngoài 31 nữ sinh trong lớp A, Mahō Sensei Negima! dần dần cũng xuất hiện rất nhiều nhân vật khác nữa, trong đó có những nhân vật là bạn bè hay là kẻ thù của nhân vật chính Negi. Những nhân vật mới này cũng có đặc điểm và "xuất thân" rất đa dạng: có người là học sinh của trường phép thuật, kẻ là yêu quái,... Negi và các đồng đội cũng gặp phải nhiều biến cố, mâu thuẫn, va chạm xảy ra cùng lúc hoặc liên tiếp nhau. Cuối cùng, tất cả những quá trình ấy đưa đẩy Negi tới những người bạn của cha mình và tới những câu chuyện về cha, người mà Negi cả đời thần tượng.